起動画面上部にあるタブから「所持銘柄の現在株価」画面を開きます。(図はシェアウェア版)

所持銘柄と注目銘柄を登録している状態だと下のような画面になります。ここでは、銘柄番号1305, 1306, 1307番が所持銘柄で、1308番は注目銘柄です。注目銘柄には銘柄番号の前に「*」マークが付きます。所持銘柄と注目銘柄についてはこちらを参照してください。

ここで左下の「株価更新」ボタンを押します。すると以下のように株価をダウンロードし、現在持っている銘柄の含み損益を計算します。(含み損益は上部に表示されます。)

一度株価を読み込むと、その株価をカンマ区切りテキスト形式で保存できます。保存する時は左下の「株価の保存」ボタンを押して下さい。
所持銘柄と注目銘柄とはその名前の通り、自分で所持している銘柄と現在注目している銘柄です。所持銘柄として登録すると株価を読み込んだときに含み損益などを計算します。注目銘柄も参考のための価格を持ってますが、含み損益の評価時には無視されます。
所持銘柄は売買履歴から判断するため、この画面で登録することはできません。売買履歴についてはこちらを参照してください。注目銘柄は下段中央にある「注目銘柄の追加」ボタンを押すと追加できます。下のような画面が出ますので、銘柄番号と参考価格を入力して下さい。
参考価格はどのような数値でも良いのですが、「この株価になったら買う」などの価格を入れておくと良いと思います。(参考価格の入力は必須です。)

注目銘柄には銘柄番号の前に「*」マークが自動的に付くので、所持銘柄と区別できます。
銘柄を選択して右クリックを押すと下のようなポップアップが現れます。

ポップアップを選択すると、情報検索、Yahooファイナンス、Yahoo掲示板を開けます。また、銘柄を選択してダブルクリックすると銘柄情報検索を行います。
右クリックとマウスのホイールを組み合わせると所持銘柄の掲示板をすばやくチェックできます。マウスホイールを回すと上下の銘柄に選択がうつるので、そこで右クリックをします。右クリックは表の上であればどこでしても構いません。後はホイールを1つ回す→右クリックを繰り返すだけです。(ホイールを使っての銘柄選択がうまくいかない場合はコントロールパネルからマウスの設定を調整してください。)